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innovations.stanford.edu

关于基因组测序

1965 年,罗伯特·霍利成功测序了来自酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的第一个 tRNA。他利用这种方法成功测序了第一个完整的基因组,即细菌病毒 PhiX174 的基因组。2000 年 – 大规模并行签名测序(MPSS)由 Lynx Therapeutics(美国)公司推出,这是首个 NGS 技术,后来被 Illumina 收购。不过,它对 DNA 的一小部分进行了测序 人类基因组成本随年份变化的图表。然而,还有一个关于同意的另一个问题:让父母决定是否进行基因组测序是否符合伦理?对儿童进行基因组测序还可以帮助确定他们是否会对可能用于治疗的不同药物产生过敏反应。关于是否为他人(如儿童)进行基因组测序的决定问题已经不再存在,因为成年人在这个时候已经足够成熟,可以自行做出同意。基因组测序可以帮助确定他们应该服用哪些药物,以及哪些药物在成年时比在儿童时期更有效。

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wired.com

一次价值数百万美元的基因治疗时代已经到来

该公司表示,价格是在考虑“这种新型基因疗法所代表的临床、社会、经济和创新价值”的情况下确定的。上个月早些时候,总部位于波士顿的非营利性研究机构临床和经济评论研究所估计药物和其他医疗服务的价值,称 Hemgenix 的合理定价将超过 290 万美元 。但利哈伊大学卫生政策教授、纽约加里森独立生物伦理学研究所黑斯廷斯中心的研究学者迈克尔古斯马诺表示,Hemgenix 和其他基因疗法的价格不应被视为便宜货。“它假设当前治疗的价格是合适的,”他说。“我们有一个价格完全不符合国际标准的体系,”他指出,与其他经济发达国家不同,美国在新药上市时不会对其价格进行监管或协商。

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cell.substack.com

2022 年生物学突破

2022 年的生物学没有停滞,反而在低效的科研体系中显出惊人的活力。论文发表缓慢、同行评审质量不稳、资助评审一致性差、负面结果难以传播,这些问题让生物学进展本应更慢;但过去一年仍出现多项重要突破。人类基因组最后约 8% 的空白被补齐,合成细胞研究证明核糖体可在活细胞外制造,人工脂质泡中也能用少数蛋白形成分裂环,生命从化学组分重建的目标更近一步。基因编辑继续推进,碱基编辑器进入临床试验,线粒体编辑虽然暴露严重脱靶问题,但更小、更准确的新方案很快出现。噬菌体疗法也重获关注,定制病毒组合被用于清除抗生素无效的耐药感染。机器学习开始改变蛋白质工程,能设计出比天然酶更快分解 PET 塑料的酶。生物学正在变得更怪、更工程化,也更接近把生命过程拆开重组。

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nintil.com

端到端生物学笔记

端到端生物学的诱人之处在于,它不要求先完全理解每个分子机制,而是把健康状态、疾病状态和扰动结果作为整体输入,直接寻找能改善系统的干预。传统药物开发往往从靶点出发,假设某个蛋白与疾病相关,再寻找能安全调节它的分子;表型筛选则更接近最终目标,直接问某种扰动是否让细胞或生物体更健康。若能积累足够多高质量三元数据,机器学习或许可以预测疗效,但历史上的计算机辅助药物发现提醒人们谨慎:几十年来,每一代技术都声称能让药物设计更理性,真正获批的药仍主要依赖扎实实验和判断。AlphaFold 证明大量数据和计算能解决某些生物难题,但蛋白质结构预测不等于药物发现。生物系统比神经网络更难观察、更难控制,细胞在培养皿和器官环境中的行为也不同。因此,更现实的路线不是宣称 AI 会替代理解,而是明确要收集什么数据、做什么实验,以及黑箱预测在哪些环节真正可靠。